В 1985 году Алексей поступил в ММСИ им. Н.А. Семашко. В течение всего периода обучения работал на кафедре инфекционных болезней и эпидемиологии ММСИ им. Н.А. Семашко в должности лаборанта, где активно включился в научно-исследовательскую работу, посвященную вопросам тропической малярии (изучению хининрезистентных форм)и ВИЧ-инфекции. Свою практическую деятельность в области ВИЧ-инфекции начал в 1986 году, в самом начале эпидемии ВИЧ/СПИДа в СССР. В том же году организовал первый в СССР кабинет консультирования и анонимного обследования на ВИЧ-инфекцию «АнтиВИЧ/СПИД».
В 1989 году в соавторстве с В.В. Покровским подготовил первую научную публикацию «Анонимное обследование населения на антитела к вирусу, вызывающему СПИД» в «Журнал микробиологии и эпидемиологии».
В 2002 году Мазус защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук на тему: «ВИЧ-инфекция: определение факторов риска и совершенствование первичного уровня профилактических мероприятий».
С 2007 года работал в должности доцента кафедры инфекционных болезней и эпидемиологии МГМСУ имени А.И. Евдокимова (заведующий кафедрой – Президент МГМСУ имени А.И. Евдокимова, академик РАН, доктор медицинских наук, профессор Н.Д. Ющук).
В 2009 году Алексей Мазус защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук на тему: «Моделирование комплексных мероприятий по противодействию ВИЧ-инфекции».
С 2013 г. работал в должности профессора кафедры инфектологии и вирусологии Института профессионального образования Первый МГМУ имени И.М. Сеченова Минздрава России (заведующий кафедрой – директор ФГБУ "Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи" Минздрава России, академик РАН, профессор А.Л. Гинцбург)
Профиль на сайте Московского городского центра профилактики и борьбы со СПИДом