Алексей Алексеевич Котов (род. 28 марта 1966, Москва, СССР) — российский гидробиолог, зоолог и палеонтолог. Доктор биологических наук, профессор РАН (2016), член-корреспондент РАН (2016).
А. А. Котов — учёный-гидробиолог, зоолог и палеонтолог, работающий над решением фундаментальных проблем исторической экологии водных экосистем, механизмов формирования локального биоразнообразия континентальных водоёмов (включая проблему инвазий чужеродных видов), биогеографии, филогеографии, микро- и макроэволюции, а также инвентаризации современного и прошлого разнообразия гидробионтов, преимущественно на примере ветвистоусых ракообразных — ключевых элементов пресноводных сообществ, важнейших объектов современной популяционной экологии, токсикологии, палеолимнологии и промышленного разведения в аквакультуре.