Антипенко Елена Альбертовна занимается болевым синдромом (головные боли, боли в спине, невралгии), церебро-васкулярными заболеваниями, мышечной дистонией, спастичностью различной этиологии (постинсультная, после нейроинфекций, после травм, у взрослых пациентов с ДЦП), ботулинотерапией при заболеваниях неврологического профиля. Автор 150 научных работ.